工会费的扣除方式和标准如下：
工会经费的扣除标准是职工月工资收入总额的2%。
工会会员每月应向工会组织缴纳本人每月工资收入0.5%的会费，尾数不足十元的不计缴会费。
工会经费应按照职工工资总额的2%提取，其中40%需上缴至县级或更高级别的总工会，剩余的60%由本单位工会使用。
工会经费的申报期限为按月代征，与税费同申报管理。缴费单位需持上月全部职工工资总额报表等材料，于每月15日前直接到主管税务机关申报缴纳；实行网上申报缴税（费）的单位，也在网上申报后直接缴纳。
企业拨缴的工会经费，不超过工资薪金总额2%的部分，准予在企业所得税税前扣除。只有取得工会组织开具的《工会经费收入专用收据》或税务机关代收工会经费的代收凭据，才能在税前扣除。
职工加入工会后，公司扣除会费的行为属于合法。如果职工本人并未加入工会，直接扣除工会会费，司法实践中有法院认为这种做法属于违法。
综上所述，工会费的扣除是基于职工工资总额的2%，其中一部分用于上缴总工会，剩余部分由本单位工会使用。企业需要在规定的时间内向主管税务机关申报并缴纳工会经费，同时需要取得相应的收据或凭据以便在税前扣除。
